Le site Natura 2000 de la Gélise prend en compte non seulement les cours d'eau, mais aussi une partie du lit majeur. On retrouve ainsi une grande variété de milieux, secs ou humides, ouverts ou boisés, dont 11 habitats d'intérêt communautaire.
Habitats aquatiques
Un habitat aquatique est présent sur le site : Herbiers aquatiques des eaux courantes à Ranunculus fluitans
Il s'agit d'un herbier de plantes aquatiques enracinées et flottantes dans les eaux courantes. Cet herbier joue un rôle fondamental dans la vie aquatique (insectes, poissons...).
Végétations palustres
Trois habitats palustres d'intérêt communautaire sont recensés le long de la Gélise : Tonsures amphibies mésotrophiques, moyennement inondables à annuelles, Mégaphorbiaies mésotrophes des systèmes alluviaux, Mégaphorbiaies eutrophes des systèmes alluviaux
Il s'agit des formations végétales herbacées présentes en bordure des cours d'eau. En fonction du régime des inondations et de leur éloignement au cours d'eau, elles sont rases (tonsures) ou hautes (mégaphorbiaies).
Prairies
Les Prairies atlantiques mésophiles de fauche sont présentes le long de la Gélise et de ses affluents.
Toutes ces prairies constituent des habitats d'intérêt communautaire. Leur intérêt écologique et patrimonial est très important car elles abritent des espèces végétales et animales intéressantes.
Landes et fourrés
Un habitat d'intérêt communautaire formé de landes atlantiques est recensé de manière très localisé sur le site Natura 2000 : Landes atlantiques méso-hygrophiles à méso-xérophiles. Composé de végétations hautes de 20 à 150 cm, cet habitat présente une faible diversité d'essences. Néanmoins, il constitue le site de reproduction de plusieurs espèces d'oiseaux patrimoniales (Engoulevent d'Europe, Fauvette pitchou...).
Egalement présent de manière très localisée sur le site, un habitat d'intérêt communautaire composé d'îlots épars de fourrés denses (arbustes) et dominés par le Genévrier commun est également identifié : Fourrés calcicoles méso-xérophiles à Junniperus communis. Cet habitat présente une très forte originalité et diversité faunistique, notamment entomologique (Lépidoptères, Hyménoptères, Diptères, Acariens). L'habitat constitue également un biotope favorable à l'avifaune (lieux de nidification et d'alimentation). En situation de lisières, il peut exprimer une grande diversité floristique.
Ourlets
Cet habitat (Ourlets hygroclines nitrophiles sciaphiles à héliophiles) correspond à des lisières formées de végétations hautes (0,5 à 1,5 mètres) et denses qui accueille une flore banale. Il est considéré d'intérêt communautaire lorsqu'il se situe en position de lisière forestière où il contribue à la diversité des écosystèmes forestiers et riverains. En dehors de cette situation, il bénéficie d'un intérêt local lié à son rôle fonctionnel de refuge pour certaines espèces d'invertébrés notamment.
Boisements
Trois boisements d'intérêt communautaire sont identifiés sur le site : Aulnaies-frênaies alluviales à Carex remota (habitat prioritaire), Chênaies mésohygrophiles à Molinia caerulea, Chênaies acidiphiles à Quercus pyrenaica
Le premier est une forêt alluviale dont la strate arborée est dominée par l'Aulne glutineux. Cet habitat se développe sous forme de galerie étroite le long des affluents de la Gélise. Habitat d'intérêt prioritaire, les Aulnaies-Frênaies alluviales constituent un enjeu majeur de conservation de la nature de par leur très grand intérêt biologique et fonctionnel. Leur structure complexe et leur diversité végétale créent de nombreuses niches écologiques pour les êtres vivants (faune, champignons, mousses...) et notamment certaines espèces à très haute valeur patrimoniale comme le Vison d'Europe ou la Loutre.
Le second est dominé par le Chêne pédonculé et le tapis herbacé est constitué par des peuplements continus de Molinie bleue. Les chênaies à Molinie bleue s'observent aussi en bordure des petits cours d'eau et au sein de dépressions où l'engorgement est permanent dans le massif des Landes de Gascogne. Elles présentent une flore relativement banale et pauvre en espèces mais il s'agit d'un milieu marginal nécessitant des conditions écologiques très spécifiques. Elles costituent en outre un habitat privilégié pour le Vison d'Europe et les amphibiens.
Le troisième boisement est dominé par le Chêne tauzin et le Chêne pédonculé auxquels s'ajoute le Pin maritime. Les strates arbustives et herbacées sont pauvres en espèces. Il s'agit d'un habitat endémique du massif des Landes de Gascogne. La diversité spécifique est faible et la flore banale. Son caractère fugace (groupement pionnier qui évolue naturellement vers la Chênaie acidophile mâture) lui confère une certaine rareté.
Pour plus d'information sur les habitats d'intérêt communautaire, ou pour avoir la globalité des fiches habitats, n'hésitez pas à visiter le portail Natura 2000: https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/listeHabitats