La charte Natura 2000 constitue l’autre volet de la politique contractuelle et volontaire de Natura 2000. A la différence des contrats, la charte ne prévoit pas de contrepartie financière puisque les engagements correspondent à des bonnes pratiques et n'entraînent donc pas de surcoût de gestion. La durée d'adhésion est de 5 ans (renouvelable).
La charte du site Natura 2000 du site de la Gélise comprend des engagements et des recommandations de portée générale (ne pas laisser de déchets, exclure toute introduction d'espèces exotiques envahissantes, garer les engins à au moins 50 mètres des cours d'eau en période de travaux...) et des engagements et des recommandations adaptés à chaque milieu naturel et/ou activité :
- dans les forêts alluviales, réaliser les travaux sur sol portant, laisser les souches en place sur les berges, ne pas rejeter les rémanents dans les cours d'eau...
- dans les peupleraies, réaliser les travaux d'abattage entre le 1er septembre et le 31 mars, laisser une bande tampon entre la peupleraie et la berge...
- dans les milieux ouverts (non-boisés), ne pas utiliser de produits phyto-sanitaires sur les milieux humides, pratiquer une gestion adaptée des fossés...
- dans les cours d'eau et ripisylves, privilégier le débroussaillage manuel, conserver les embâcles ne présentant pas de danger...
- dans les étangs, repecter les débits réservés, ne pas utiliser de produits chimiques à moins de 10 mètres du plan d'eau, favoriser une gestion extensive des abords de l'étang...
- concernant l'aménagement du terrtitoire et l'urbanisation, favoriser la mise en place d'assainissement collectif, réduire l'utilisation d'insecticides et d'herbicides dans l'entretien des espaces verts, limiter l'éclairage public aux zones réglementaires et présentant un danger particulier...
- concernant les activités de loisirs et le tourisme, solliciter l'appui technique de la structure animatrice lors des aménagements de loisirs et manifestations, sensibiliser les éducateurs et pratiquants aux enjeux environnementaux du site...