L'Europe a laissé aux états membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives.
Ainsi, la France a choisi d'agir en concertation avec les acteurs concernés par le site en mettant en place un comité de pilotage (COPIL). Celui-ci est composé des représentants des organismes agissant sur le site (DREAL, DDT(m), chambres d'agriculture, associations, représentants des agriculteurs, représentants des propriétaires forestiers, fédérations...). Il est chargé d'élaborer un document d'objectifs (DOCOB), qui définit les enjeux et les préconisations de gestion.
Après validation du DOCOB par le préfet, l'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle : le but est de faire signer aux propriétaires des contrats Natura 2000 ou MAEc pour les agriculteurs.
Actuellement, le réseau français Natura 2000 comprend 1758 sites, soit 12,6 % du territoire.
